Ancora una volta, ecco il caos in quel di Sepang per la gara della Moto3. Condizioni per la prima volta asciutte nel weekend e gara che inizia con tutti i piloti con gomme slick e setup da asciutto e subito ecco il primo incidente alla prima curva, con Migno che scivola e colpisce Guevara, rischiando di coinvolgere anche Di Giannantonio all’esterno, mentre scivola, sempre in curva 1, il compagno di team del romano, Ayumu Sasaki, dicendo così subito addio alla gara.
Curva 6 ed altro grande incidente che coinvolge Martin, che perde la moto e cade in mezzo alla pista, evitato in extremis da Canet, che però cade, e da Oettl e Bulega, che si colpiscono a vicenda andando a terra (per Bulega sospetta lussazione ad una spalla, Canet possibile frattura ad una mano, pure Martin al centro medico).
Con questi incidenti, si crea subito il gap tra i primi 4, Binder, Bagnaia, Mir e Dalla Porta ed il resto del gruppo, con Quartararo e Di Giannantonio in rimonta per riagganciarsi. Ma ecco l’altra sorpresa. Alla curva 7, Binder, Mir e Dalla Porta, nello stesso momento perdono l’anteriore e rovinano a terra, seguiti poi a distanza dall’alfiere del Team Gresini Fabio Di Giannantonio. Sembra esserci olio, ma la direzione gara non interviene e la gara prosegue, con Bagnaia indisturbato davanti e dietro un gruppo di 5/6 piloti compreso Antonelli a giocarsi il podio.
Ad una decina di giri dal termine, tuttavia, Antonelli si autoelimina dalla lotta, scivolando nel punto più lento del tracciato, imitato immediatamente dal suo compagno di team, Jules Danilo.
Con ormai soltanto una ventina di piloti (anche meno) in gara, Bagnaia prosegue la sua passeggiata malese in testa alla gara, mentre dietro Kornfeil, Bendsneyder e Quartararo si giocano il secondo ed il terzo gradino del podio.
Al 15esimo giro, ecco la caduta di Maria Herrera e soprattutto le prime gocce di pioggia e la direzione gara decide di dare bandiera rossa (se fosse per la caduta, decisione molto cervellotica e poco comprensibile), con la gara terminata al 13esimo giro di 18 e la vittoria di Pecco Bagnaia, davanti a Kornfeil (sorpassato da Bendsneyder ma classifica di gara ad un giro prima) e terzo proprio l’olandese, a beffare un Quartararo sicuramente non baciato dalla dea bendata in questa stagione, in netta rimonta e probabilmente sul podio in caso di gara normale, senza bandiera rossa. Dietro, a punti Locatelli e Antonelli, oltre al duo del team Italia, che sfrutta le cadute per chiudere a punti.
| Moto 3 2016 Sepang Standing | |||||
| 1 | F. Bagnaia | ITA | Aspar Racing Team | Mahindra | 25 |
| 2 | J. Kornfeil | CZE | Drive M7 SIC Racing Team | Honda | 20 |
| 3 | B. Bendsneyder | NED | Red Bull KTM Ajo | KTM | 16 |
| 4 | F. Quartararo | FRA | Leopard Racing | KTM | 13 |
| 5 | A. Locatelli | ITA | Leopard Racing | KTM | 11 |
| 6 | M. Ramirez | SPA | Platinum Bay | Mahindra | 10 |
| 7 | G. Rodrigo | ARG | Rba Racing Team | KTM | 9 |
| 8 | K. Pawi | MAL | Honda Asia | Honda | 8 |
| 9 | L. Loi | BEL | RW Racing Gp | Honda | 7 |
| 10 | D. Binder | RSA | Platinum Bay | Mahindra | 6 |
| 11 | H. Azmi | MAL | Peugeot MC SaxoPrint | Peugeot | 5 |
| 12 | N. Antonelli | ITA | Ongetta Rivacold | Honda | 4 |
| 13 | S. Valtulini | ITA | Team Italia | Mahindra | 3 |
| 14 | L. Petrarca | ITA | Team Italia | Mahindra | 2 |
| 15 | F. Di Giannantonio | ITA | Gresini Racing | Honda | 1 |
| 16 | L. Dalla Porta | ITA | Sky Racing Team VR46 | KTM | 0 |
| 17 | M. Herrera | SPA | MH6 | KTM | – |
| 18 | B. Binder | RSA | Red Bull KTM Ajo | KTM | 0 |
| 19 | J. Danilo | FRA | Ongetta Rivacold | Honda | – |
| 20 | J. Navarro | SPA | Estrella Galicia 0,0 | Honda | – |
| 21 | A. Arenas | SPA | Peugeot MC SaxoPrint | Peugeot | – |
| 22 | T. Suzuki | JPN | CIP Unicom Starker | Mahindra | – |
| 23 | J. Mir | SPA | Leopard Racing | KTM | – |
| 24 | A. Norrodin | MAL | Drive M7 SIC Racing Team | Honda | – |
| 25 | P. Oettl | GER | Schedl Racing Team | KTM | – |
| 26 | A. Canet | SPA | Estrella Galicia 0,0 | Honda | – |
| 27 | N. Bulega | ITA | Sky Racing Team VR46 | KTM | – |
| 28 | J. Martin | SPA | Aspar Racing Team | Mahindra | – |
| 29 | J. Guevara | SPA | Rba Racing Team | KTM | – |
| 30 | A. Migno | ITA | Sky Racing Team VR46 | KTM | – |
| 31 | A. Sasaki | JPN | Gresini Racing | Honda | – |
| 32 | H. Ono | JPN | Honda Asia | Honda | NP |
| 33 | F. Spiranelli | ITA | CIP Unicom Starker | Mahindra | NP |